Czy katalog główny do którego chcesz wgrać (wgrałeś) pliki katalogu webmini zawiera pliki innej, działającej strony internetowej? Z opisu wynikałoby, że tak.
A tego katalogu bez grzebania w kodzie nie postawisz w podfolderze katalogu głównego domeny.
Mam pewne podejrzenia jak chcesz ten katalog zainstalować, ale bez odpowiedzi na pytanie wyżej nie ma co strzelać.