korzystam z joomli 1.5 i nie mam problemów z wyświetlaniem tam linków więc albo coś spieprzyłeś al;bo admin serwera coś ci poblokował.
pliki z systemu ładujesz do głównego katalogu ze stroną a kod w templatce index.php najlepiej gdzieś w miejscu odpowiedzialnym za stopkę lub innym jeżeli orientujesz się w układzie strony i co za co odpowiada. Kod musi mieć oczywiście <?php tu kod eweba ?>