Rozumiem, że pobrałeś skrypt katalogu stron?
Jeśli tak, bo zainstaluj go na osobnej domenie (lub subdomenie). Czyli jako nowa strona.
Do systemu nie dodasz strony, która wyświetla linki tylko w folderze /katalog, a nie wyświetla ich na podstronach w obrębie tej samej domeny, ale spoza tego katalogu.
A jeśli chcesz wyświetlać linki na tej stronie z joomlą, to wystarczy Ci sam kod php, potrzebny do wyświetlania linków (wklejony gdzieś w któryś z plików CMSa) oraz 1 plik php i folder o tej samej nazwie w katalogu głównym domeny. Mają one na tyle unikalną nazwę, że nie ma szans na nadpisanie czegokolwiek.